Ek olarak cyberpanel de site nin yapılandırma ayarlarında rewrite rules kısmından htaccess kuralarını eklerseniz çalışıyor. Ftp ye attığınızda dediğiniz gibi sorunlu veya Ftp den atıp ordan tekrar kaydet derseniz yine çalışıyor değişik bir bug var sanırım.
Websiteler > Websitesi Listesi > Manage > Yapılandırma Ayarları > Rewrite Rules kısmında.