Tam doğru anladım mı bilmiyorum fakat, konu sunucunuza yönlenen domainlerin default directorylerini değiştirmek ise, bunun yerine "skeleton directory" konusunu inceleyebilirsiniz. Veya skeleton directory'i apache/nginx conf dosyalarından belirlediğiniz path'e atayabilirsiniz.

Fakat sizin sunucunuza yönlenen bir domainin, sunucunuzda dns kaydı yoksa herhangi bir işe yaramaz. Yani sizin domain için bir ns ve a kaydı oluşturmanız gerekiyor. Eğer doğru anladıysam tabi.