mysql queryleri log açıp bi bakabilirsiniz
php log seviyesi E_ALL a getirin
hem php de hem mysql de slow log ları açın
ayrca yine durum gerçekleştirken phpymyadmin den yada herhangi bir arayüz yada direkt cli den show processlist komutunu çalıştırın anlık hangi queryleri mysql de çalıştığını görüp bir fikir edinebilirsiniz.