Direkt ssh üzerinden root bilginiz ile yapabilirsiniz.

Diğer sorunuzu arkadaş da cevaplar ama girmişken yazayım.

chattr ile o dosyayı kitlersiniz. Dolayısı ile vesta panel update ile o dosya da bir değişiklik yapılacaksa yapılamaz. Veya güncelleme yapmadan önce "chattr -i vesta.conf " yapıp dosyanın kilidini açtıktan sonra güncelleme yaparsanız yine problem kalmaz.