Disk üzerinde yeterli alan mevcut mu ? Veya sürekli olarak log basıyor olabilir. /var/lib/mysql içerisindeki log dosyasının boyutuna ve içeriğine bakabilirsiniz.

Birkac sebebi olabilir;
- Tablolarda indexleriniz eksiktir ve her sorguda tum tablo taraniyordur
- MySQL e verdiginiz buffer miktari suanki db niz icin yetersiz kaliyordur

Yazılım nedir Magento mu? aynı sorunu bizde yaşadık çünkü sonra optimize ettirdik düzeldi.