Çünkü select2 sayfa yüklendiğinde var olan select ile kendi selectini değiştirir. Yani sonradan eklediklerini tanımaz. Bunu engellemek için select e yeni bir option eklediğin zaman select2 yi yeniden kendini ayarlamasını sağlamalısın.

Biryerlerde $(".select_inputun_sinifi").select2();gibi birşey vardır. Onu çalıştırmalısın her option ekledikten sonra.
Kolay gelsin.