çift taraflı doğrulama gibi bi şey olmuş bu, ikisini aynı anda yapmanıza gerek yok bence ya kullanıcıların idlerini projeye ekleyin ya da projenin idsini kullanıcılara ekleyin

Proje ve kullanıcı tablolarınıza ek olarak proje_kullanicilari gibi bir tablo daha oluşturarak proje numarası ile kullanıcı numarasını bu tablo içinde ilişkilendirmeniz daha iyi olur, böylece o projedeki rolü ve yetkisi gibi daha alt özellikleri ileride kolaylıkla yapabilirsiniz.

Role tabanlı bir veritabanı yapısı oluşturmanızı tavsiye ederim.

Bunun dışında project_user adında bir pivot table oluşturup user_id project_id şeklinde ekleyerek tek bir tabloda işinizi gorebilirsiniz.