Doğru anladıysam bu işini görücektir.
<?php
$dosya = fopen('dosya.xml', 'r');
$icerik = fread($dosya, filesize('dosya.xml'));
$dosya2 = fopen('yeni.xml', 'w+');
fwrite($dosya2, '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>'.$icerik);
fclose($dosya);
fclose($dosya2);
?>