SSL sertifikaları otomatik yenilenmekte ancak yenilemenin koşulu, http:// olarak .well-known dizinindeki doğrulama dosyasına ulaşılabilmesidir. Bizim gördüğümüz sorun, .htaccess dosyası kaynaklı yapılamayan yenilemelerdir. Doğrudan tüm girişlerin https:// olarak yönlenmesi halinde Lets Encrypt, dosya doğrulaması yapamıyor ve SSL otomatik yenilenemiyor. Veya https:// yönlendirmesi olmasa bile .well-known klasörüne .htaccess içindeki kodlar erişimi engelliyorsa SSL otomatik yenilenemiyor. Bu konuda destek bildirimi açıldığında bizim ekibimiz .htaccess dosyanızı siliyor, SSL'i yenileyip dosyayı geri yüklüyor, yani bu şekilde çözüyoruz.

Yönlendirme ile ilgili kodlarınıza rewritecond eklenirse sorun çözülmekte.

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/.well-known/acme-challenge/.+$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/.well-known/acme-challenge/[0-9a-zA-Z_-]+$