Htaccess dosyalarında çakışma olabilir. Örneğin ana dizine kurdunuz wordpress sitenizi ve seo link kullanıyorsunuz. Haber alt klasörüne de bir wordpress kurdunuz diyelim; ana dizinde haber adlı bir sayfa veya içerik olursa sitecom/haber/ şeklinde linki olacak ama burada da bir wordpress kurulu olduğu için çakışma yaşanacaktır. Tavsiye subdomain olarak kullanmak ve işini garantiye almandır.