Temiz kod yazmak için MVC mimarisi kullanmak zorundasın , bunu ister piyasaki frameworkler ile yap ister kendin oluşturmaya çalış.

Framework kullanmak istemiyor iseniz yine oturup işinizi görecek class ve fonksiyonları yazmanız gerekiyor ki anlaşılabilir sade bir kod yazabilin.

Örneğin veritabanı işlemleri için yapılacak şeyler bellidir , insert , update , delete ve select , bunlar için her işlem yapılacak sayfada oturup kod yazmanıza gerek yok , bir tane class hazırlarsınız sonra projenize bu sınıfı dahil edip kolayca kullanırsınız.

Dediğiniz bir noktada " ?sayfa=iletisim ise iletişim.php " bölümü olarak yine frameworklerdeki Route yapısına benzer kendinize göre tanımlayarak işlem yaparsanız bir çok if - else kod karmaşasından kurtulursunuz , ve direk sef url yapısına sahip olursunuz.