PHP'de MVC (Model-View-Controller) yapısını araştırın hocam.
Basitçe anlamak için wordpressi düşünün görünüm kısmı > wp-content/themes, arkaplan kod kısmı > wp-includes, yönetim kısmı > wp-admin içinde her biri ayrılmış dizinlerde bir biri ile uyumlu çalışıyor.
MVC'ye codeigniter, laravel vb. frameworklardan aşinayım.
Fakat ben dediğim gibi harici bir yapı kurmadan, salt normal PHP ile bildiğimiz hani php ile

nasıl yaparız onu merak etmekteyim?
MVC yapısınıda kullanmadan kısaca 3 sorunun cevabını verebilirseniz çok sevinirim.