PHP'de MVC (Model-View-Controller) yapısını araştırın hocam.
Basitçe anlamak için wordpressi düşünün görünüm kısmı > wp-content/themes, arkaplan kod kısmı > wp-includes, yönetim kısmı > wp-admin içinde her biri ayrılmış dizinlerde bir biri ile uyumlu çalışıyor.