Yaptıklarım işe yaradı farklı bir web sitemde de aynı sorun vardı onun üzerinde denedim işe yaradı

-- yedek aldıktan sonra
1- komple format attım yani sunucudan eski hesabı silip yeni hesap tanımladım
2- temayı lisanslı tema yaptım
3- wp-content/polugins/index.php dosya iznini 444 yaptım yeni saldırıyı önlemek için
4- google consolede siteyi silip tekarar yükledim
5- google console site map sildim
6- consol da sıkıntılı olan linkleri tek tek girerek link ön bellek temizle ve geçici kaldır yaptım (En zor olan kısım burası - google / site:siteadı.com da hatalı görünen linkler)
7- Eklenti olarak
yoast seo
wp all in one security (saldırı tekrar olursa ip sini engellemek için)
8- .htaccess dosya iznini 644 yaptım
9- 404 yönledirme yaptım anasayfaya ki sorunlu sayfaları kaldırdıktan sonra sayfa bulunamadı yerine
10- temanın 404 php dosyasında kod ile ana sayfa yönlendirmesi yaptım
11- her 24 saatte bir siteyi tekrar taratarak site:siteadı.com ile sorunlu sayfaları bulup tekraradan google console dan url kaldır ve ön bellek temizle yaptım
12 - bir süre site google de sıfır index olarak görünmeye başlıyor ve 24 saaten sonra tekrar index alarak eski sorunlu indexlerde temizlenmiş oluyor
13 - sonuç olarak biraz index kaybı ve trafik kaybı yaşanıyor ama temizlenmiş olarak yeniden toparlanma sürecine giriyor.

Not : Bu saydıklarım kendi yaptığım deneyimlerimdir. Sadece kendi deneyimimi paylaşıyorum.