rsync de --partial parametresi bu işe yarıyor. Küçük bir sh betik yazıp, cron ile çalıştırabilir veya init.d'ye servis şeklinde yazarak çözebilirsiniz. Ekstra 3.parti bir yazılım var mı bilmiyorum fakat --partial parametresi, olası bir aksaklık halinde kaldığı yerden devam etmesini sağlıyor.