Yaptığınızda yanlışlık var, aslında tam tersini yapmalıydınız ki siteniz arama motorlarında sıralaması gerilemesin.
Eğer yeni temayı subdomaine kurup herşeyi ayarladıktan sonra taşıdıysanız sorun değil.
Fakat bu süreç zaman alacağından yukardaki dediğinizi kısa sürede yapmadıysanız elbette biraz da olsa kötü etkileri olacaktır.
Ama yapılandırma ayarlarını doğru şekilde yaptıysanız kalıcı sorun olacağına inanmıyorum.