Çünkü yaptığın düzenlemeleri DIV içerisine almamışsın. Bootstrap yapısının temel mantığı DIVler ile çalışmaktır.

Mesela sitenin arayüzü 2 taraflı. Sen nesneleri sağ tarafa koymuşsun fakat direkt eklemişsin. Ekranın yarısında olduğuna göre aşağıdaki gibi bir DIV class ile çalışabilirsin;

<div class="col-md-6">
</div>

Daha fazla bilgi için Google amca yardım edecektir.