İki öneride bulunabilirim.
1. Linux hostingde sistemleriniz aktif olarak kalır, yeni bir windows hosting alır sadece web sayfanızı orada çalıştırabilirsiniz.
2. Muhtemelen mailleriniz IMAP olarak kurulu. Komple windows sunucuya geçeceğiniz de sanırım MailEnable mail hizmeti kullanılıyordur. MailEnable'de Migration olayı var bunu yapabilirsiniz, tabi hizmet sağlayıcınız paylaşımlı hizmette bunu yaparmı emin değilim.