Cache eklentisi indexlerinize zarar vermez. Seo eklentisi kullanıyorsanız dikkatli ayarlamalar yapmalısınız. Bunun yanında kategorilerin ana sayfada üstte olması -Yeni bir siteyse- normaldir. Ayrıca siteniz dediğim gibi yeniyse index konusunda sabırlı davranın, sitemap'inizi oluşturup search console'a atınız. ilk zamanlarda google gibi getir aracını kullanın. Bunlar indexlerinizde ilerlemeye neden olacaktır. Ayrıca robots.txt dosyanız olağandır, onda sıkıntı yok