Öncelikle geçmiş olsun, sitenizin ilk hali hangisiyse, tercihinizi o yönden yana kullanın ve ardından hatalı olan kısımı düzeltebilmek için redirection eklentileri var en yakın url ye yönlendiren, bunlarla hata almadan eski-yeni url ler arasında bağlantı kurarak en az kayıpla sağlayabilirsiniz.
Kesinlikle url kaldır gibi işlemlerde bulunmayınız sıralamadan tamamen gitmenize sebep olabilir doğal haline bırakın. Ancak dediğim işlemleri yaparak.