cekilişte cıkan sayıyı id ye gore degilde dbden cekme sırasına göre $query[$cekilensayi] olarak yapabilirsiniz.
aktif-pasif ya da silindi olarak ta yapsanız sonucları cektiginizde yine silindi olarak işaretlenen degerler gelmeyecek, idler eksik olacak.
id değeri sqlde autoincrement tanımlıdır. silinenin yeri dolmaz, kayma olmaz. Siz yazılım mantığınızı değiştirmelisiniz.