Cloudflare'de SSL ayarlarını Full SSL olarak yap, Cloudflare'ye giriş yaptığında Crypto bölümünde Origin Certificates alanı var oradan Cloudflare'nin sana verdiği SSL'i oluşturup Hosting hizmetine kurabilirsin. Full SSL olarak bu sefer çalışmış olacak ve Let's Encrypt'e gerek kalmayacak.