Windows çalışmadan önce de, Windows hiç çalışmadan da çalışan yazılımlar yapılabilir. C# ile yapılan işletim sistemi bile mevcut (cosmos).

Bunun 2 yolu var, ya cosmos gibi kendi işletim sisteminizi yazdıracaksınız, ya da GRUB benzeri kendi bootloaderınızı yazdıracaksınız.

Boot öncesi değil de login öncesi olacaksa bu daha basit, bir Windows servis ile çözülür. Projenin amacını yazarsanız, belki aklınıza gelmeyen başka bir çözüm de üretebiliriz.