Selam,

Önce yükleme yaptığın formun içine bu selecti ekle

<select name="dizinsec">
<option value="klasor1/">Klasör 1</option>
<option value="upload/orneklasor/">Örnek Klasör</option>
</select>

Daha sonra php kodunu bu şekilde kullan

<?php
$dizin = $_POST["$dizinsec"];
$yuklenecek_dosya = $dizin . basename($_FILES['dosya']['name']);
if (move_uploaded_file($_FILES['dosya']['tmp_name'], $yuklenecek_dosya))
{
echo '<img src="dosyayuklendi.png" width="100"><br>';
echo "Dosya başarıyla yüklendi.<br>";
echo "<a href=admin.php>Ana Sayfa</a> | <a href=dosya.php>Farklı Bir Dosya Yukle</a> | <a href=logout.php>Guvenli cikis</a> ";
} else {
echo "Dosya yüklenemedi!n";
}
?>

Selectten gelen dizinsec değerine göre yüklenmesini sağladık yanlız option valuelerinin kendine göre ayarlaman gerek kolay gelsin