glob fonksiyonı ile bir dosyadaki tüm klasor ve dosyaları okursun döngü ile. dongu içine de yazacaksın uzantı php ise aç oku, klasorse alt aç içindekileri oku gibi mantık kuracaksın.

algoritma bilginiz ne kadar bilmiyorum ama alt alta cok klasor varsa kendi kendine dönen (recursive) fonksiyon işini kolaylaştıracaktır.