Direk site ana adresi üzerinden yüklemek zorundaysanız yapılacak birşey yok maalesef limitler kesindir.

Eğer yazılım tarafını entegre edebilirseniz yükleme işlemlerini subdomain üzerinden yaptırabilirsiniz subdomain kayıtlarını cloudflare'e ekleyip ardından subdomain için cloudflare'i devre dışı bırakırsanız trafik subdomain trafiği için direk sunucuya ulaşır böylece limitlerden etkilenmezsiniz.