Pek anlamam ama şu şekilde söyliyeyim sorun mysql sunucusunda olmayabilir tabiki optimizasyon gerekebilir ama scriptlerinde açılan bağlantılar işi bitince kapanmıyor ve optimize edilmemiş sorgular var ise mysql istediğiniz kadar kontrol edin sorunları öncelikle scriptlerde aramanızı öneririm. Birde optimizasyonda açılan bağlantıları belli bir süreden sonra server taraflı zorla kapatma gibi işlemler yaptırın.