scriptin aynı olması önemli değil belliki tek database kullanılıyor ama iki farklı domain var siz scriptin ne olduğunu bilmiyorsunuz yada açıklamadınız o yüzden kesin bir şey söyleyemiyorum ama aynı yazılımıda kullansa farklı adreslere giriş yaptığınızda hata verecektir.

buna göre 2 farklı mantıklı açıklama var

1. Sitede kullanılan script web adresini database kayıt etmiyor
2. Domain alias kullanılarak yapılmış
3. Bilmediğim başka bir şey olabilir