subdomain için ayrı bir hosting açarsan ana domaindeki dosyalara bir zarar gelmez. çünkü her hosting için yeni bir user açılır ve php o user hesabıyla çalışır. linux sistemlerinde bir kullanıcı diğer kullanıcının dosyalarına erişemez bu yüzden bir hostingden diğer hostinge de erişilemez olur. fakat eğer subdomaindeki scriptte uzaktan kod çalıştırma açığı varsa bu durumda mysql erişilebilri hale gelir. örneğin uzaktan kod çalıştırarak mysqle bruteforce ile giriş yapmaya çalışabilir. kısacası subdomaindeki yazılım ana domiandeki yazılıma müdahale edemez ama verisine erişebilir.