Select2 eklentisini nasıl çağrıyorsanız. Aynı şekilde satır eklerkende çağırmanız gerekiyor.

Örnek: $(".select2").select2() yada $(".listeleme").select2()

Aşağıdaki kodu deneyin.

<script type="text/javascript">
$(window).load(function(){
$(function() {
var scntDiv = $('#malzeme');
var i = $('#malzeme').size() + 1;
$(document).on('click','#addItem', function() {
$('<span><div class="form-group"><label class="col-md-2 control-label">Malzeme</label><div class="col-md-5"><select class="form-control populate select2"><option value="AK">Çay</option><option value="HI">Şeker</option></select></div><div class="col-sm-2"><input type="text" class="form-control" placeholder="Kg / Adet"></div><div class="col-sm-1"><a href="#" type="button" id="delItem"  class="mb-xs mt-xs mr-xs btn btn-sm btn-primary"><i class="fa fa-minus-circle"></i>  SİL</a></div></div></span>').appendTo(scntDiv);

$(".select2").select2();

i++;
return false;
});
$(document).on('click','#delItem', function() {
if( i > 2 ) {
$(this).parents('span').remove();
i--;
}
return false;
});
});
});
</script>