.Htaccess dosyası sadece ana dizine atılır. Uploads ya da diğer klasörlere ayrıca gerekmez. Onun yerine ilgili klasöre boş index dosyası atmak yeterlidir.
Ana dizin dışında uploads klasor ve diğer klasorlerin içerisine atacağınız dosyadan bahsettim bu sekilde kapatabilirsiniz. Boş index'de atabilirsiniz yukarıda bahsettiğim yöntemde kullanılabilir benim tercihim .htaccess olur. Daha sağlam bir yöntemdir.