Bana kalırsa sorun olabilir, çünkü bir sitemde spesifik olarak bunu yaşadım:

xxxxxxxxxxxxxx Başlıklı bir yazım vardı ve ona benzer bir anahtar kelime olan yyyyyyyyyyyy de 3-4. sayfadaydım. Bu yyyyyyyyyyyyy anahtar kelimesi de alt başlık olarak sitede bulunuyordu.
Ardından TOC+ yükledim ve bir iki hafta sonra yyyyyyyyyyy anahtar kelimesinde ilk sayfaya yerleştim. Ve google aramasında titlenin hemen altında o alt başlığım da yazıyordu linklendirilmiş şekilde.
Ayrıca, TOC kullandığım sitelerde rich snippet sayesinde oluşan indexlerim de mevcut. TOC kullanmadıklarımda böyle bir şeyle karşılaşmadım.

Tavsiyem, eğer zorunluluk değilse TOC kaldırmamanız yönünde. Görüntüyü bozduğunu düşünüyorsanız yazı altına çekip, default gösterimini kapalı yapabilirsiniz. Yani içindekileri görmek için kullanıcının "göster" yazısına tıklaması gereksin. Böylece görüntü anlamında da sıkıntı yaratmaz.