Kopyalayan siteyi ayrı bir google webmaster tools paneline ekleyin doğrulama dosyasını yüklediğinizde onlardada yüklenicektir. Site sahipliğini onaylatıp indexleri silin.
Bu arada kopyalama işi basit bir curl fonksyonu ile yapılıyor o yüzden ssh bilgisinden kaynaklandığını sanmıyorum.
Güzel fikir. Meta kodu ekledikten sonra kopyalayan sitenin tüm indexlerini bu sayede kaldırabiliriz. Bu bilgiyi köşeye atayım belki lazım olur

+