Kopyalayan siteyi ayrı bir google webmaster tools paneline ekleyin doğrulama dosyasını yüklediğinizde onlardada yüklenicektir. Site sahipliğini onaylatıp indexleri silin.
Bu arada kopyalama işi basit bir curl fonksyonu ile yapılıyor o yüzden ssh bilgisinden kaynaklandığını sanmıyorum.