50 satır 50 satır dediğiniz yeere sleep(saniye); kodunu her 50 olduğunda ekleyebilirsiniz bu sayede dediğiniz gibi betik her 50 olunda işi yapar ve bekler 500 de durur.

for($i=0; $i<=500; $i++)
{
    if($i % 50 == 0)
    {
        sleep(3); // üç saniye bekle.
    }    
}