Anladım;
sisteminizde cache kullanıyor musunuz?
file veya APC türü birşeyler..
Bu sebebden düzenlemeler görünmüyor olabilir.
Herhangi bir önbellekleme işlemi yok. Sıfır centos 7 latest + plesk latest -> php 5.4.16 -> Mysql 5.5.60
CentOS veya Ubuntu vb Linux çekirdekli işletim sistemlerinde büyük mysql file ları sftp üzerinden ilgili yere yükleyip oradan import etmeniz daha iyi.
Aynı fiziksel üzerindeki vps üzerinden import ediyorum. 2gb 5 saniyede import ediyor.