Sununun içinden çekemezsiniz mv komutu ile sitenin dizine taşıyıp mı denediniz ?
chmod ile 777 dahi yaptım. cd /home üzerinden sitenin içindeki public_html klasörüne taşıdım. chmod ile izin verdim. Tarayıcı ile yedeğini bilgisayarıma indirebiliyorum.