güvenli değil'in .htaccess ile bir alakası olmaz.
1. ssliniz root sertifikası yüklenmemiştir.
2. sitenizde http ile çağırılan linkler/resimler vardır.
5 yıldır SSL sektöründe çalışıyorum, bir bilgi vermeden önce doğrusunu öğrenmenizi öneririm.

.htaccess üzerinden yapılmayan yönlendirmeler sebebiyle site güvenli değil ibaresi verebilir, güvenli değil ibaresinin en büyük karşılaştığımız sebebi ise http linklerin https'e yönlendirilmemesi.
İyi forumlar.