veri tabanı büyük olduğu için olabilir hocam. şimdi şöyle özetleyeyim, işin özünde phpmyadmin php ile çalışıyor ve sizin php.ini dosyanıza max_execution_time ayarı kısaysa işlemi durdurup boş sql atıyor olabilir. yükseltmeyi deneyin onu. Aman dikkat! Bu ayarları değiştirdikten sonra apache sunucunuza ve php'ye restart atmayı unutmayın. mysql'e de restart atın.