Sorunu anladım ve düzelttim arkadaşlar. teşekkürler yardımlarınız için.

Vps bağlantısı yapın
nano /etc/my.cnf

şu değerleri örnek karşılığı ile güncelleyebilirsiniz ;

max_allowed_packet=128M
wait_timeout = 100

Ardından mysql servisini yeniden başlatınız ;