yanlış anlaşılma olmus. script içine fonlsiyonu koy. input içine onchange koymana gerek yok.
<script>
function pad(....
}
$(".inputid").on('change',function(){

$('.inputid').val(pad($(this).val(),4));
})
<script>

telefondan yazdım. mantık olarak, input değiştiginde input degerini pad fonksiyonuna sokup tekrar yazacaksinız. kolay gelsin.