Cevabınız için teşekkürler hocam.
Yaptığım işlemleri sıralamak gerekirse;
+ Tüm index.php dosyaları açılıp, konuda belirttiğim zararlı kodları temizledim.
+ Yine sunucuda bulunan favicon dahi tüm ICO uzantılı dosyaları sildim.
+ Modül dosyaları teker teker kontrol edildi, fakat herhangi bir olumsuzluk görülmedi.
Aslında sorunun başlangıcı, aynı FTPde blog adı altında wordpress site de vardı. Virüs aslen ona bulaşmıştı ama FTPde dağıldı. Şuan blog dizini tamamen kaldırılmış durumda.
siz dedigim gibi komple yedek alın ve ftp yi komple kazıyın. hatta ve hatta sunucu veya hosting firmanıza ticket acip yeniden sunucunun kurulmasını talep edin. formatlansın yani.
ondan sonra sizde o arada bilgisayarınızda localhostta son kontrolleri gerçekleştirip tekrar kurun.