if (<?=$user["user_balance"];?> < 5){ ?>
<div class="alert alert-danger">
<strong>Bir Dakika</strong> Bakiyeniz 5TL altına düşmüş!
</div>

<?php } ?>

şeklinde deneyin, ayrıca php shorttag aktif mi değil mi onuda kontrol edin, son olarakta "$user["user_balance"];" bunu farklı bir değişkene aktarın örnek olarak $asd gibi, öyle kullanın.