Ya normalde Laravel kurulumu yaparken cPanelden public klasörü ana dizin olarak ayarlanması gerekiyor. Natro ve IHS bunu yapmamıza izin vermediği için bizde .htaccess'den yapmıştık. Muhtemelen bununla alakalı bir durum aynı yazılım diğer sitelerde problem olmadı. Allah kolaylık versin hocam.