Hangi klasör başta listelensin istiyorsan onun URLsini belirle
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/klasör ismi

Daha sonra bunu eklersen sadece ana klasörü etkiler. Alt klasörleri etkilemez.

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d


Üstteki arkadaşın cevabıyla aynı işte.