php'de tarihsel işlemler yapmak için mutlaka gün, ay, yıl bilgisine ihtiyacınız vardır. sadece saatle işlem yapmak diye birşey yoktur çünkü mantıksal olarak her saat gün, ay, yıl içerisinde bulunmak zorunda. Bu yüzden iki saat arasındaki saniye yada dakika farkını almak diye birşey yoktur onun yerine iki tarih arasındaki saniyeyi almak vardır. ille de saat kullanacağım, gün farketmez diyorsanız o zaman bugünün gün-ay-yıl bilgisini verip sonuna saat bilgisini ekleyerek saniye farkını buldurabilirsiniz.

// bunlar mysqlden gelen time türündeki değerler
$mysqlTimeStr1 = "16:00:00";
$mysqlTimeStr2 = "16:20:00";
$explodedMysqlTime1 = explode( ":", $mysqlTimeStr1 );
$explodedMysqlTime2 = explode( ":", $mysqlTimeStr2 );

// strtotime default olarak bu formatı kabul eder: 2038-01-19 03:14:07
$mysqlTime1 = strtotime( date("Y-m-d") . " " . $explodedMysqlTime1[0] . ":" . $explodedMysqlTime1[1] ); 
$mysqlTime2 = strtotime( date("Y-m-d") . " " . $explodedMysqlTime2[0] . ":" . $explodedMysqlTime2[1] ); 

$secondDifference = $mysqlTime2 - $mysqlTime1;

echo $secondDifference;

Burada sonuç 1200 saniye çıkar. Kodu denedim çalışıyor. Anlaşılmayan biyer olursa sorabilirsiniz.