İlk önce illeri veritabanından çekip, değerleri dizi değişkenine atayın.

PHP ile çekmek için;

$sorgu = mysqli_query($db, 'select * from iller');
$iller = array();
$counter = 0;
while($sonuc = $sorgu->fetch_assoc())
{
$iller[$counter] = $sonuc["il"];
$counter++;
}

Bunu sorgulattırın.

var countries = ["Afghanistan","Albania","Algeria",....

bu kısmı şöyle değiştirin.

var countries = [ <?php
for($i = 0; $i < count($iller); $i++)
{
     if($i != count($iller) -1)
     {
          echo '"'. $iller[$i]. '",';
     }
     else
     {
          echo '"'. $iller[$i]. '"';
     }
}
?>];