Sitede resim küçültücü plugin varsa o resimler büyük ihtimalle "sample-image-250x250" "sample-image-300x300" gibi isimlerle farklı küçültülmüştür. Sorun ondan kaynaklıdır belki, sıfır şekilde resimleri yükleyip o pluginle hepsini küçültürseniz sorun çözülebilir. Onun haricinde cache vs temizlemekte çözüm olabilir ama onu yapmışsınızdır zaten. Tek tek elle yükleyince de "-1" database de hali hazırda yolunun oluşudur, oradanda image tablolarını silerseniz sıfırdan elle yükleyebilirsiniz. Ancak yedek almadan yapmayın böyle işlemleri, mümkünse localde ya da subdomainde çalışın