kendi yazdığınız veya kaynak kodlari elinizde olan programlar için birkac satır kod ile halledilebiliyor.3. parti uygulamalar ise windows bash komutu yazmanız gerek. Direk windows'a şu şu uygulamaları otomatik başlat komutu vermelisiniz yani.

veya bana göre en kolay yöntem olarak bi uygulama yazarsınız o uygulama otomatik başlar ve uygulamanın tek görevi belirlediğiniz uygulamaları başlatmak olur.
bunun için c# thread kullanabilirsiniz.