1- Jar uzantısını exe uzantısına çevirmek için bir çok yol var sanırım. Yoldan ziyade program demek daha doğru olur belki. Bazıları dizinleri ayarlayıp jar dosyasını çalıştırıyor bazıları ise (https://www.excelsiorjet.com/) her şeyi kendi içinde saklayıp sanal bir makine gibi çalıştırıyor.
2- Bana sorarsanız dediğiniz şekilde oluşan kod kısımlarını aman aman bilmenize gerek yok. Bazen ince detayları değiştirmek işinizi kolaylaştıracaktır ama zaten neredeyse sabit olan şeyleri de ezberlemeye gerek yok diye düşünüyorum.